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SK이노베이션이 특수관계에 있는 SK C&C에게 부당하게 많은 용역비를 지급했다며 과세당국이 부과한 법인세 소송에서 승소했다.

서울행정법원 행정11부(재판장 하태흥 부장판사)는 최근 SK이노베이션이 제기한 법인세등부과처분 취소소송에서 "정보시스템 서비스 용역업체인 SK C&C가 다른 회사와 체결한 단가와 SK이노베이션과 체결한 단가가 다른 것은 거래 상황이 서로 다르기 때문"이라며 과세가 위법하다고 판결한 것으로 22일 확인됐다.

SK이노베이션는 석유 및 화학제품을 제조 판매하는 업체로 에스케이(주)를 지주회사로 하는 계열회사이다.

한편, SK C&C는 정보기술 시스템의 구축계획 및 운영전략 기획, 시스템 설계, 개발, 구축 및 운영을 지원하는 IT(Information Technology) 서비스 업체로 역시 에스케이(주)의 계열사로 SK이노베이션과는 특수관계인의 지위에 있다.

SK이노베이션는 SK C&C와 사이에 정보시스템 구축 및 운영에 관한 서비스 용역을 체결하면서 다른 회사들과 비교해 높은 단가를 적용하는 방식으로 조세 부담을 부당하게 감소시켰다는 이유로 법인세를 부과받았다.

그러나 SK이노베이션은 "SK C&C와 체결한 서비스 제공의 단가가 미래에셋생명이나 현대산업개발 등 다른 회사 유사한 상황에서 거래된 단가가 아니어서 차이가 날 수밖에 없다"며 "경제적 합리성을 결여한 비정상적 거래라고 할 수 없다"고 반발했다.

이에 대해 행정법원 재판부는 "우선 SK C&C와 미래에셋생명, 현대산업개발 사이의 거래가 SK이노베이션과의 거래와 유사한 상황에서 이뤄졌다고 보기 어렵다"고 밝혔다.

행정법원은 또 "국세청이 '시가'라며 기준 과세액으로 적용했던 SK C&C와 미래에셋생명, 현대산업개발 사이에 적용된 거래 단가를 '제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격'이라보 보기 부족하다"고 판시했다.

재판부는 국세청이 "이 사건 계약기간이 10년으로 너무 길어 경제적 환경변화에 따른 '시가'를 반영할 수 없었다"는 점과 "SK C&C가 비계열회사와의 거래에서 적용되는 인건비단가가 SK이노베이션과의 거래 단가보다 지속적으로 낮았다"는 사정을 들어 비정상적인 거래라고 한 주장도 받아들이지 않았다.

재판부는 "SK이노베이션과 SK C&C의 이 사건 계약이 국내에서 정보기술 시스템 구축 및 운영이라는 개념이 자리잡던 초창기 시절 체결된 점, 일괄적인 정보기술 시스템 구축 및 운영계약이므로 계약기간을 장기간으로 정하는 것은 전산시스템을 안정적이고 효율적으로 관리하는 데 도움이 된다고 볼 수도 있다"며 10년의 장기 계약이 반드시 경제적 합리성이 없는 거래로 보기는 어렵다고 판시했다.

재판부는 결국 "국세청이 SK이노베이션에게 부당행위계산 부인규정을 적용해 법인세를 과세한 것은 위법하다"며 SK이노베이션의 청구를 인용했다. [참고 판례 : 2016구합62658]